I Januar 2005 blev Moesgård anerkendt som marinarkæologisk arbejdene museum. Det vil sige at Moesgård har det marinarkæologiske ansvar for området mellem det sydlige Mariager fjord og den nordlige del af Vejle fjord . Dette indbefatter havet, søer og åer. At have et marinarkæologisk ansvarsområde betyder, at det påhviler museet at varetage almindelige marinarkæologiske opgaver, foretage besigtigelser, modtage anmeldelser, udføre rekvirerede marinarkæologiske opgaver i forbindelse med anlægsopgaver så som råstofindvinding og andre aktiviteter på havbunden.
Havet og kysterne har haft en vigtig rolle i hele forhistorien. Dette gælder både med hensyn til transport og med hensyn til bosættelser. I stenalderen har der ved kysterne været et varieret dyreliv og både fjorde og åer har været vigtige transportveje mellem bopladserne
Derfor rummer havet et utal af fortidsminder, ikke mindst skibsvrag – som nok er den mest kendte fortidsmindetype. Men der findes også stenalderbopladser, der blev overskyllet for ca. 6000 år siden. Disse pladser er vigtige i stenalderforskningen, da man her kan være heldig at finde genstande af organisk materiale, hvilket er sjældent på almindelige udgravninger.
